JavaScript devre dışı bırakıldığında çoğu site düzgün çalışmadığından, Tor Browser üzerindeki NoScript uygulaması, varsayılan olarak JavaScript kullanımına izin verecek şekilde yapılandırılmıştır. JavaScript varsayılan olarak devre dışı bırakılsaydı çok fazla sorun çıkacağı için çoğu kullanıcı Tor kullanmaktan vazgeçerdi. Hedefimiz Tor Browser uygulamasını olabildiğince çok kişinin olabildiğince güvenli bir şekilde kullanması. Bu nedenle JavaScript varsayılan olarak etkin bırakılmıştır.

Tüm HTTP sitelerinde JavaScript kullanımının devre dışı bırakılmasını isteyen kullanıcıların Tor Browser "Güvenlik düzeyi" bölümünden Tor Browser güvenlik düzeyi ayarını değiştirmeleri önerilir. Bu işlem, Güvenlik simgesine (ekranın sağ üst köşesindeki küçük gri kalkan) ve ardından "Değiştir..." üzerine tıklanarak yapılabilir. "Standart" düzey JavaScript kullanılmasına izin verir, "Daha güvenli" düzey HTTP sitelerinde JavaScript kullanılmasını engeller ve "En güvenli" düzey JavaScript kullanılmasını tamamen engeller.